生态环境工程学科为研究生态环境保护理论和技术的科学，是生态学下自设二级学科，承担生态环境工程科学研究、人才培养和社会服务等任务。生态学学科源于1952年建立的森林学，2003年在生态学学科下自设生态环境工程二级学科博士学位授权点。生态环境工程学科立足于国内外生态环境领域发展前沿和我国生态文明建设的迫切需求，学科主要研究方向包括水污染控制与水资源利用、大气污染控制与废气资源化、固体废物处理处置与资源化、生态环境修复与规划管理、新污染物环境行为与控制、减碳固碳科学与工程等领域，师资力量雄厚；拥有“水体污染源控制技术”北京市重点实验室、“污染水体源控和生态修复”北京市教委工程研究中心、河北省“新污染物治理与风险管控”重点实验室、北京林业大学生态固碳与负碳技术研究中心，研究条件优越；承担生态环境工程学科领域相关国家重大研究课题，科研经费充裕；在水污染控制、大气污染控制、固体废物资源化、新污染物环境行为等方面形成研究优势和人才培养特色。毕业生已经成为我国生态环境工程教学、科研以及技术开发等领域的中坚力量。